Wer Schwierigkeiten mit dem Update hat, kann ja mal - auf eigene Gefahr, nur mit MTKDroid Backup - die Datei auf der SD-Karte \system_update\META-INF\com\google\android\updater-script so anpassen, dass die checks für die Dateien entfernt werden, die man selbst geändert hat. Also z.B. die Zeilen 122/123 löschen
assert(apply_patch_check("/system/build.prop", "d1d4ab3c21a4db6ce1d0bff00c25ef8640c1c19d", "c7d940ea38106cb24fd6158b986b738cba9230f2"));
set_progress(0.466848);
Build.prop ist allerdings ein schlechtes Beispiel, denn ein diff-Patch funktioniert nur, wenn sich das Script an bekanntem Datei-Inhalt entlanghangeln kann, um Einfügungen und Löschungen vorzunehmen. Wer seine build.prop modifiziert hat, bekommt bei Anwendung des Patches evtl. Schwierigkeiten. Auch ist build.prop Kandidat Nr. 1, um sein Handy unbrauchbar zu machen.
Wer allerdings apps entfernt hat, kann die entsprechenden checks "assert(apply_patch_check" löschen, sollte dann aber auch die entsprechende Patch-Zeile "assert(apply_patch" löschen, damit uns nicht vielleicht das bekannte Universum um die Ohren fliegt.
Ich weise nochmals daraufhin, das ist eine Aufgabe höchsten Schwierigkeitsgrades und sollte nur mit Backup und entsprechendem Wissen durchgeführt werden. Ich bin nicht für Bricks verantwortlich!
Wenn das gesamte system_update Verzeichnis gezippt wird, sollte man es übrigens dann auch per CWM/TWRP flashen können (system_update darf in der zip kein eigenes Unterverzeichnis sein).