Der Bahnhof und seine Anbindungsstrecken wurden am 30. Oktober 2011 in Betrieb genommen. Das Eisenbahnbundesamt gab am 2. Juni 2012 den Tunnel für Zugfahrten ohne Personenverkehr frei. Die S-Bahn Berlin führte bis Juli 2014 Streckenkenntnis-Ausbildungsfahrten durch und stellte diese wieder ein, nachdem kein Eröffnungstermin absehbar war. Die „Antischimmelpilz“-Entlüftungsfahrten wurden weiter durchgeführt. 2020 wurden vor Aufnahme des Personenverkehrs die Brandmeldeanlagenvon Terminal und Bahnhof abgenommen. Am 25. Oktober 2020 wurde der Bahnhof einige Tage vor Eröffnung des Flughafens eingeweiht, am 26. Oktober begann der öffentliche S-Bahn-Verkehr. Ab 31. Oktober 2020 wird der Bahnhof auch vom Regionalverkehr und einer IC-Linie bedient, die zuvor den alten Schönefelder Bahnhof anfuhr.